隨著治療藥物越來越多元，腸胃道基質瘤已有慢性病化趨勢，有病患2006年被宣判為腸胃道基質瘤後，以標靶藥物搭配開刀治療，至今仍在門診持續追蹤。醫師提醒，標靶藥物針對腸胃道基質瘤控制效果佳，若第一線無效還有第二線、第三線藥物可以使用，只要與醫師密切配合，腫瘤控制率可達八成以上。
馬伯伯（化名）2006年被確診為腸胃道基質瘤中風險病患，接受手術後開始服用標靶藥物控制，雖然不到兩年腫瘤又復發，但是再度接受開刀後，開始以第二線標靶藥物治療，到目前為止經過十五年，對於生活並未造成太多影響，與一般正常人無異。
彰化基督教體系外科部主任張宏基表示，台灣每年約新增300名腸胃道基質瘤患者，發生率約為百萬分之15，與國際發生率相差無幾。好發年齡大多在40～60歲之間。臨床上主要以腫瘤大小與細胞有絲分裂數量做分期依據，依序分成極低風險、低風險、中度風險、高風險等四類。
彰化基督教體系外科部主任張宏基醫師。
張宏基解釋，腸胃道基質瘤癌細胞源發自腸胃道較深的肌肉層，導致症狀多為肚子悶脹、排便習慣改變等，由於症狀與一般腸胃症狀類似，容易讓人忽略；如果長時間出現腹瀉、腹痛、血便、排便時間異常，或是突然間爆瘦，應盡速就醫檢查。
若腫瘤不大且位置不影響重要器官，手術仍然是治療最主要方式。張宏基說，如果腫瘤大於八公分以上，位置無法手術或是具侵犯性，就必須以標靶藥物先進行治療，等待六個月腫瘤狀況穩定後，再評估是否適宜進行手術。以他自己的經驗，使用標靶藥物治療後，有高達八成以上患者可以再開刀。
張宏基強調，腸胃道基質瘤第一線標靶藥物腫瘤反應率佳，但藥物蜜月期約為兩年極可能再復發；即使不幸第一線藥物無效，目前也還有第二線、第三線標靶藥物可以使用。第二線藥物根據台灣使用經驗，效果維持比國外平均數據來得更好。
張宏基分析，標靶藥物問世後，徹底改變治療方式，不僅可以縮小腫瘤，也可以當作術後輔助性治療使用；對病患而言，透過標靶藥物可以獲得長期控制，讓腸胃道基質瘤甚至轉變成慢性病化，他手上就有好幾位病患治療超過十年。
近來由於疫情關係，腸胃道基質瘤患者擔心自己是否可以施打疫苗？張宏基建議，若服用第一線標靶藥物，建議可以正常施打疫苗。第二、三線藥物學理上並無相關證據，但為恐免疫系統受影響，建議與醫師討論，是否可以停藥三到五天，讓白血球恢復正常後再施打疫苗。
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